Первое упоминание крепости на месте будущего Кузнецка относится к началу XVII века, когда уездный форпост был приграничной зоной между русскими владениями в Сибири и вотчиной кочевых народов. Чтобы обезопасить поселение от постоянных набегов, насыпали земляные валы с укреплениями и рвом, а сам острог долгое время был деревянным. Предположительно, старую цитадель поддерживали 2–3 башни по периметру, что говорило о недружелюбии ближайших соседей.
В 1798-м году по дозволению императора Павла I Кузнецкий острог усилили, а к началу XIX века бастион получил привычные черты — вытянутая в сторону реки сложная система рвов и валов представляла собой солидное препятствие. Однако через пару десятилетий российские границы сдвинулись, и необходимость в крепости отпала — под конец века её долгое время называли «тюремным замком» из-за переехавшей сюда городской темницы для особо опасных преступников.
Серьёзные реконструкции начались в 1872-м году, когда появилась надвратная церковь Ильи Пророка. Строили её в нарушение действовавшего закона, который запрещал переделывать крепостные ворота, но, именно с куполами на въезде бастион запомнился почти на два поколения. Сохранилось и имя главного мецената, на чьи деньги возвели святыню — им был томский купец Яков Петров, он же предоставил лучших в губернии резчиков для изготовления иконостаса.
XX век принёс Кузнецку большие беды. В 1905-м на крепостной горе открылась первая шахта в городе, но просуществовала она всего два года. С началом Гражданской войны все постройки цитадели сожгли красные партизаны, и для бастиона начались десятилетия забвения. В 1939-м году газета «Большевистская сталь» опубликовала письмо разгневанного жителя, ставшего свидетелем, как памятник истории разбирают для строительных нужд и продажи дорогостоящего дикого камня.
Попытки восстановить Кузнецкую крепость, или хотя бы защитить её от необратимого разрушения предпринимались уже после войны, но лишь в семидесятых удалось заново отстроить домик гауптвахты — одного из первых каменных строений внутри бастиона. На излёте советской власти наконец-то был подписан и утверждён указ о создании историко-архитектурного музея, но кризис девяностых годов помешал воплотить планы в жизнь, пиком неудач стала сгоревшая в 1997-м году гауптвахта.
Реконструкция крепости завершилась в 1998-м, для города и всей области это стало событием — первые месяцы перед обновлённым входом выстраивались очереди за билетами. Через 10 лет внутри стен вырос обер-офицерский дом, в нём разместилась богатая экспозиция, в том числе, с археологическими находками. Для архитектурного заповедника началась новая глава истории — с непрекращающимися исследованиями, богатой культурной жизнью и наплывом туристов.